ในปี พ.ศ. 2447 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงมีพระราชวินิจฉัยให้อุดหนุนการทำไหมและทอผ้าของประเทศ โดยได้ว่าจ้าง ดร.คาเมทาโร่ โทยาม่า จากมหาวิทยาลัยโตเกียว ทดลองเลี้ยงไหมตามแบบฉบับของญี่ปุ่น สอนและฝึกอบรมนักเรียนไทยในวิชาการเลี้ยงและการทำไหม โดยมี พระเจ้าบรมวงศ์เธอ พระองค์เจ้าเพ็ญพัฒนพงศ์ กรมหมื่นพิไชยมหินทโรดม พระราชโอรสในรัชกาลที่ 5 ซึ่งดำรงตำแหน่งอธิบดีกรมช่างไหม กระทรวงเกษตราธิการในขณะนั้น ทรงจัดตั้งโรงเรียนช่างไหม ขึ้นเมื่อวันที่ 16 มกราคม พ.ศ. 2447 ณ ท้องที่ตำบล ทุ่งศาลาแดง กรุงเทพมหานคร ซึ่งนับว่าเป็นสถาบันการศึกษาอันเกี่ยวกับการเกษตรแห่งแรก จากนั้นในภายหลังได้เปลี่ยนชื่อจากโรงเรียนช่างไหมแห่งนี้ เป็นโรงเรียนวิชาการเพาะปลูก ในปีพ.ศ. 2449 เนื่องจากมีวิชาการเพาะปลูกพืชอื่น ๆเข้ามาประกอบ

ต่อมาโรงเรียนเกษตราธิการ ได้ถือกำเนิดขึ้น ในปี 28 พฤศจิกายน พ.ศ. 2451 ณ วังสระปทุม โดยที่กระทรวงเกษตราธิการได้ทำการรวบรวมโรงเรียนที่อยู่ในสังกัดของกระทรวง 3 โรงเรียนคือโรงเรียนแผนที่ (จัดตั้งขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2425) โรงเรียนกรมคลอง (จัดตั้งขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2448) และโรงเรียนวิชาการเพาะปลูก เป็นโรงเรียนเดียวกันเพื่อผลิตคนเข้ารับราชการในกรมกองต่าง ๆ ของกระทรวงเกษตราธิการ ถือได้ว่าเป็นหลักสูตรระดับอุดมศึกษาวิชาเกษตรศาสตร์ หลักสูตรแรกของประเทศไทย โดยได้เริ่มดำเนินการสอนหลักสูตรใหม่นี้ในปี พ.ศ. 2452

ด้วยเหตุที่วัตถุประสงค์ของโรงเรียนกระทรวงเกษตราธิการ ตรงกับพระราชดำริของพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัวในเรื่องของการจัดตั้งโรงเรียนข้าราชการพลเรือน ซึ่งได้ทรงจัดตั้งขึ้นในกระทรวงธรรมการ โรงเรียนกระทรวงเกษตราธิการจากเดิมที่สังกัดกระทรวงเกษตราธิการจึงย้ายมาสังกัดกระทรวงธรรมการ ในปี พ.ศ. 2456โดยใช้ วังวินด์เซอร์ เป็นสถานที่ทำการเรียนการสอนของโรงเรียนกระทรวงเกษตราธิการที่ยุบเข้ารวมกับ โรงเรียนข้าราชการพลเรือนและในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว พระองค์ทรงส่งนักเรียนไทยไปเรียนต่างประเทศจำนวนมาก ในจำนวนนี้มีพระยาเทพศาสตร์สถิตย์ และ เจ้าพระยาธรรมศักดิ์มนตรี (สนั่น เทพหัสดิน ณ อยุธยา) เสนาบดีกระทรวงธรรมการ ทั้ง 2 ท่านได้เริ่มก่อตั้งโรงเรียนด้านการเกษตรโดยสังกัดกระทรวงเกษตราธิการขึ้นมาอีกครั้ง ในนาม "โรงเรียนฝึกหัดครูประถมกสิกรรม" ตั้งอยู่ที่ ตำบลหอวังในปี พ.ศ. 2460 ภายหลังจึงได้มีการย้ายการเรียนการสอนไปที่ ตำบลพระประโทน อำเภอเมือง จังหวัดนครปฐม ในปี พ.ศ. 2461

ในปี พ.ศ. 2474หม่อมเจ้าสิทธิพร กฤดากร และเจ้าพระยาธรรมศักดิ์มนตรี ได้ร่วมกันขยายการจัดตั้งโรงเรียนฝึกหัดครูประถมกสิกรรมไปสู่ระดับภูมิภาคมากขึ้น โดยภาคกลาง ตั้งอยู่ที่ จังหวัดสระบุรี ภาคเหนือ ตั้งอยู่ที่ จังหวัดเชียงใหม่ ภาคอีสาน ตั้งอยู่ที่ จังหวัดนครราชสีมา และภาคใต้ ตั้งอยู่ที่ จังหวัดสงขลา

พ.ศ. 2478 โรงเรียนฝึกหัดครูประถมกสิกรรมในภูมิภาคต่างๆได้ปิดตัวลงตามข้อบังคับของการปรับเปลี่ยนระบบราชการในขณะนั้น จึงได้มีการยุบรวมโรงเรียนในส่วนภูมิภาคทั้งหมดเข้าไว้ด้วยกัน หลวงอิงคศรีกสิการ หลวงสุวรรณวาจกกสิกิจ และพระช่วงเกษตรศิลปการ (สามบูรพาจารย์ผู้ให้กำเนิดมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์)  จึงเสนอให้รักษาโรงเรียนฝึกหัดครูประถมกสิกรรม (ปัจจุบันมหาวิทยาลัยแม่โจ้)ไว้ที่ อำเภอสันทราย จังหวัดเชียงใหม่ เพียงแห่งเดียว และเปลี่ยนชื่อโรงเรียนเป็น "โรงเรียนมัธยมวิสามัญเกษตรกรรม" ต่อมาจึงได้มีการยกฐานะของโรงเรียนจนก่อตั้งเป็น "วิทยาลัยเกษตรศาสตร์" มีฐานะเป็นกองวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ในกรมเกษตรและประมง ตามความต้องการของกระทรวงเกษตราธิการ

ต่อมากระทรวงเกษตราธิการได้จัดตั้งสถานีเกษตรกลางขึ้นในท้องที่ อำเภอบางเขน จังหวัดพระนคร (กรุงเทพมหานคร) ดังนั้น จึงได้ย้ายวิทยาลัยเกษตรศาสตร์มาตั้งอยู่ที่ อ. บางเขนในปี พ.ศ. 2481 และให้ส่วนราชการที่ อำเภอสันทราย เป็น "โรงเรียนเตรียมเกษตรศาสตร์" เพื่อเป็นการเตรียมนิสิตให้วิทยาลัยเกษตรศาสตร์ที่ อำเภอบางเขนต่อไป

ในปี พ.ศ. 2486 " วิทยาลัยเกษตรศาสตร์" ได้รับการยกฐานะขึ้นเป็น "มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์" ใน สมัยจอมพล ป. พิบูลสงคราม  มีฐานะเป็นกรมในสังกัดกระทรวงเกษตราธิการ และให้แต่งตั้งข้าราชการประจำ ดำรงตำแหน่งเลขาธิการมหาวิทยาลัย หลวงสินธุสงครามชัย ในฐานะ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงเกษตราธิการ เป็นผู้ดำรงตำแหน่งอธิการบดีคนแรก มีการเปิดสอนใน 4 คณะ คือ โดยมี คณะกสิกรรมและสัตวบาล คณะการประมง คณะวนศาสตร์ และคณะสหกรณ์ เป็นคณะแรกตั้ง (ในปัจจุบันคือ คณะเกษตร คณะประมง  คณะวนศาสตร์ คณะเศรษฐศาสตร์ และ คณะบริหารธุรกิจ)